Od jednotlivých zpracovatelů se mohou částečně lišit, obvykle mají zoufale málo argininu a histidinu (50-65%), málo fenylalaninu a methioninu (kolem 70-80%) a tyrosinu (kolem 100%), nadbytek nestabilního lysinu (140-200%) a tryptofanu (140-390%). Hlavními problémy je tedy kritický nedostatek "pomalých aminokyselin" argininu a histidinu, nízký obsah methioninu, fenylalaninu a tyrosinu.

Právě proto, že legislativa nenařizuje dodržovat zastoupení důležitých aminokyselin ve sportovní výživě, používá většina výrobců sportovní výživy syrovátkový protein jako surovinu pro jednoduché proteinové nápoje. Syrovátkové proteiny od různých zpracovatelů mléka mají různé zastoupení esenciálních aminokyselin i dalších biologicky aktivních látek, zejména peptidů (některých jednoduchých bílkovin). Je to dáno teplotou při zpracování a použitými technologickými postupy. Zpracování při nízké teplotě šetří biologicky aktivní peptidy (některé jsou označovány jako růstové faktory), ale bílkovina je pomaleji stravitelná. Zpracování při vyšší teplotě může poškodit peptidy, ale bílkovina je zase rychleji stravitelná. Použité postupy, jako například membránová separace (CFM), ultrafiltrace, iontová výměna, tepelné srážení, chromatografie a různé kombinace těchto postupů jsou spíše věcí rozhodnutí zpracovatele a zásadně platí, že nelze stanovit kvalitu výsledného proteinu pouze podle použité technologie.

Syrovátkový protein je silně aminokyselinově nevyvážený, takže se vždy bez ohledu na výrobce spolehlivě předávkujete esenciálními aminokyselinami threoninem, tryptofanem a lysinem, nejvíce chybějící (využitelnost limitující) jsou vždy arginin a histidin, dále rovněž obvykle fenylalanin a tyrosin. Výchozí surovina syrovátka obsahuje před dalším zpracováním relativně nejméně fenylalaninu, methioninu, valinu a tyrosinu a podle zpracování se mohou jejich hodnoty dále dost měnit a nelze s nimi u každého výrobku počítat jako s konstantními. Je zřejmé, že syrovátkový protein rozhodně nebude ideálem pro nejvhodnější bílkovinu při požadavku rychlého růstu svalů. V hodnocení (vyváženosti jednotlivých esenciálních aminokyselin vůči sobě v proteinu) rozdíl mezi dolní hodnotou AAS a horní hodnotou AAS je skutečně velký, rizikový zejména při záměrně vysokých dávkách tohoto proteinu. Situace je poněkud zhoršená i tím, že u jiných zdrojů bílkovin je nevyváženost obvykle způsobena menším počtem aminokyselin. Při porovnání využitelnosti syrovátkového proteinu o koncentraci 80% a vyšší (od kteréhokoliv výrobce) s kaseinátem a komplexní mléčnou bílkovinou vychází nejlépe komplexní bílkovina mléka (70-75%), potom kasein (65-70%) a nejhůře syrovátková bílkovina (45-65%).

Při získávání vyšší koncentrace proteinu kolem 90% se objevuje pokles zejména dolních hodnot esenciálních aminokyselin a celkově se zesiluje nevyváženost spektra, čili s vyšší koncentrací se celkové parametry obsahů jednotlivých esenciálních aminokyselin poněkud zhoršují. I to je důvod, proč syrovátkový protein s obsahem kolem 90% bílkovin je méně vhodný než s obsahem 80%. Využitelnost 90% syrovátkových proteinů v přepočtech vychází na 40-45%, u 80% proteinů vychází kolem 45-60%. Pouze pro zajímavost, u sportovci opovrhovaných slabších koncentrátů s nižším obsahem proteinu vychází využitelnost lépe, například u 70% bílkoviny může být využitelnost vyšší než 75%.

Typickou vlastností syrovátkového proteinu je dobrá stravitelnost (přiměřené jednorázové dávky) u většiny uživatelů, protože pokud u proteinu nastane v žaludku základní rozštěpení na úroveň peptonů, tak již se mohou živiny vstřebávat do krve i v poměrně vysokém množství. Právě tato lehká stravitelnost na druhou stranu zvyšuje riziko tím, že o to snadněji může navodit výše uvedenou aminokyselinovou disbalanci snadným vstřebáním vysokých dávek nevyváženého proteinu, který v trávicí soustavě soutěží rychlostí vstřebávání o využití s ostatními bílkovinami z "klasické" stravy, které jsou obvykle výrazně hůře stravitelné.

Používání vysokých dávek syrovátkového proteinu je zdravotním hazardem, a riziko se ještě zvyšuje u extrémně koncentrovaných surovin nad 90%. Toto je možno si ověřit z podkladů od dodavatelů surovin (údaje o zastoupení aminokyselin v proteinu) přepočtem na referenční protein WHO. Také je možno přesvědčit se prakticky a používat syrovátkový protein jako hlavní zdroj bílkovin po dobu několika měsíců (jen při pravidelném provádění jaterních testů!).

Někteří výrobci obvykle "naslepo" kombinují syrovátkový protein s jinými bílkovinami. Zde je však riziko, že pokud není zohledněno zastoupení aminokyselin také u těchto surovin, paradoxně se může disbalance ještě prohloubit.